Na Formação Permanente são criados espaços de investigação não só da teoria freudiana, mas também para a escolha de áreas e tendências a serem desenvolvidas e aprofundadas a partir da base adquirida na formação básica. Esse segundo momento é denominado de permanente por ser onde e quando os membros associados, efetivos, titulares e aderentes podem continuar a investir em suas escolhas clínicas e teóricas de acordo com seu desejo.

Assim a formação permanente tem início ainda na formação básica, no Instituto (quando devem ser feitos no mínimo dois Módulos e um Núcleo de Pesquisa Teórico Clínica), mas suas atividades caracterizam-se por serem abertas a todos os membros e, eventualmente, a pessoas de fora da SPCRJ. A Formação Permanente é constituída da seguinte maneira: